ずっと、ビンの底でひっくり返ったままですが、問題ないですか？

ひっくり返っているのは体の内側を乾燥させているので問題はないと考えます。
熟成すれば自力で出てきますが、種類、体長、管理環境によって出てくる時期はばらつきます。
無理に掘り出す必要はないです。自力で出てきたほうが身体的には丈夫です。