初令から３ヵ月後に菌糸ビン交換しましたが、さきほど菌糸びんを見てみると１頭だけが蛹になりつつ　ありました。早すぎると思うのですが見守ればいいのでしょうか？

蛹室はなるべく動かさずにそのまま見守れば良いと思います。 確かに初令から3ヶ月ですと、早いですが、菌糸ビン飼育だと半年一化といって♀などにはよく起こります。 成虫管理するのはどのマットでもOKですが、ほだマットなどが床にはよいと考えます。